16岁学生在学校与另一学生发生关系后怀孕，该如

16岁学生怀孕需双方协商处理，男方应承担部分流产费用。依据《法律》规定，14周岁以上少女有性自主能力，自愿发生关系男方无责任，但应分担流产费用。若未及时处理，可能对女方身心健康造成严重伤害。
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16岁学生怀孕应协商处理。具体操作：1.双方及家长应冷静沟通，协商解决方案，男方承担部分或全部流产费用；2.若协商无果，可寻求学校、社区或法律援助机构帮助调解；3.在调解无效或涉及其他严重问题时，应及时报警或提起诉讼，通过法律途径解决纠纷。
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双方应首先协商，男方承担流产费用，必要时可寻求法律援助。若双方无法达成一致，或涉及其他法律问题，应根据具体情况选择合适的法律途径，如调解、诉讼等，以确保双方权益。